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• 核物理与核技术国家重点实验室
• 医学物理和工程北京市重点实验室
• 高能物理研究中心
• 国际量子材料科学中心
• 科维理天文与天体物理研究所
• 核科学与技术研究院

其他研究机构

• 核科学与核技术教育部网上合作研究中心
• 北京大学-兰州重离子加速器国家实验室联合青年核物理中心
• 宽禁带半导体研究中心
• 北京大学纳米结构与低维物理实验室
• 中科院—北京大学超快光科学与激光物理联合中心
• 应用磁学研究中心
• 量子物质科学协同创新中心